De manière générale, la meilleure saison pour aller en Indonésie s'étend de mai à octobre, ce qui correspond à la saison sèche, avec une haute saison touristique en juillet et août. Ces mois s'appliquent essentiellement à Java, Bali et Lombok car sur cette période les Moluques et la Papouasie sont en saison humide.
La saison humide à éviter pour Java, Bali et Lombok est de octobre à avril, qui devient la saison sèche pour les Moluques et la Papouasie - idéal pour la plongée.