Le salar connaît un hiver sec de mai à octobre et un été pluvieux de décembre à mars. Il y fait très froid et le vent est glacial. Pendant la nuit, la température descend souvent jusqu'à - 25 °C en juin (les mois le plus froids sont juin, juillet et août).
Les mois de décembre à mars correspondent généralement à la saison des pluies dans la région du salar d’Uyuni. Durant cette saison, le salar peut être inondé et il n’est pas toujours possible d’accéder à la colline d'Incahuasi en voiture, laquelle se transforme alors en île. Le paysage n’en reste pas moins magnifique, le ciel se reflétant sur l’eau ; le salar se transforme en un miroir géant lieu idéal pour les amateurs de photographies.
Pendant les mois de juin à août, les températures peuvent descendre très fortement dans la région des salar et du Lípez, mais le temps est normalement sec et ensoleillé.