Le niveau des eaux dans le Delta de l’Okavango dépend directement des pluies tombées en Angola pendant l’été austral, entre décembre et février. Il leur faut ensuite dévaler plus de 1000 km avant d’inonder le vaste delta en éventail. Les safaris aquatiques ne commencent donc pas avant la période d’avril/mai. Les eaux atteignent leur apogée entre juin et août et déclinent doucement jusqu’à fin novembre/ début décembre. Cependant, selon les années, les pluies sont plus ou moins abondantes, parfois en avance, quelquefois en retard, les sorties en mokoro et en bateau sont donc toujours soumises aux conditions météorologiques.
Certaines zones et certains lodges bénéficient d’un lagon permanent, dans ce cas les activités aquatiques sont réalisables quelle que soit la saison.